スカイマークは2014年3月30日から、神戸/石垣線の直行便を運休する計画です。発表している3月30日から5月31日のスケジュールでは運航が計画されておらず、ウェブサイトでも那覇経由の乗継便のみの予約となっています。
神戸/石垣線は2013年7月10日から1日1往復で就航。12月20日からは金、土、日の週3往復便の運航に減便します。
また、神戸/新千歳線は12月20日から月曜日から木曜日に2往復、金曜日から日曜日を1往復、週11往復を運航する計画ですが、3月30日から週7往復、デイリー運航に減便します。
なお、詳しいスケジュールはスカイマークのウェブサイトを参照ください。