政府は2016年7月11日(月)、南スーダンの首都ジュバで治安情勢が急激に悪化していることを受け、民間のチャーター機の派遣、退避を準備中と発表しました。在留邦人は7月7日(木)に現地大使館が約70人の安全が確認されています。すでに、国際協力機構(JICA)は現地に駐在する経済協力の関係者47名を退避させることを決めています。
また、安全を確保した上で、自衛隊による陸上輸送、自衛隊が保有するC-130輸送機をジブチへ展開する準備を進める方針です。政府は、南スーダンに在留邦人、PKO部隊の安全確保を最優先し、対応に万全を期するとしています。この対応は、国家安全保障会議で議論しています。
また、政府は部隊の安全についても、万全を期すとしています。