スターフライヤーは2012年3月30日付で航空法第72条第5項の規定に基づく「指定本邦航空運送事業者」の指定を受けました。この指定を受けることで、機長の資格取得、維持の審査をスターフライヤーの機長のうち、国土交通大臣から指名を受けた「査察操縦士」が実施できるようになります。
スターフライヤーでは、指定本邦航空運送事業者の認定に向けて、運航乗務員、スタッフの拡充、資格者の養成、訓練方法やマニュアルの整備など、安全管理体制を整備。同社ではこの制度の運用が認証されたことで、航空会社の運営体制として大きな信頼を得たとしています。