三沢航空科学館は、2019年7月から9月に特別企画展や特別上映を実施することから、割安な入場料金を設定しています。常設展のみは一般510円、高校生300円、小中学生以下は保護者同伴で無料は変わりません。
常設展と零戦展のセットは、一般が920円、高校生が710円、小中学生が100円です。また、レゴ展の入場料金は、一般600円、高校生は600円、小中学生は300円ですが、常設展とセットで一般が1,000円、高校生が800円です。
このほか、特別企画上映のドラえもんは、一般と高校生が300円、小中学生が200円です。なお、未就学児はいずれも保護者同伴で無料となります。
なお、障害者手帳を提示すると常設展のみ無料、零戦展は一般と高校生が410円、小中学生は100円となります。
三沢航空科学館の開館時間は通常、9時から17時まで、入場は16時30分までですが、8月4日(土)から8月16日(木)までは、9時から18時まで、入場は17時30分までです。休館日は毎週月曜日となっていますが、祝日の場合は翌日となります。