エア・ウガンダは2014年7月18日付で、ウガンダ民間航空局が国際民間航空機関(ICAO)の監査で不備を指摘されたことから、運航を停止すると発表しました。監査は2014年6月11日から6月17日まで実施されたもので、ウガンダ民間航空局の監督、規制の欠陥が指摘されました。これを受け、ウガンダ民間航空局は国際機関の監査継続を取りやめ、エア・ウガンダの国際線運航許可(AOC)も無効となるものです。ウガンダでは国際線を運航する会社は、エア・ウガンダのみで、この選択により大きな影響を受けるとしています。
特に航空機リース契約では、契約条項に運航を継続する場合にのみリースされることが盛り込まれており、この条項に抵触することから、機材を引き渡しする必要があるとしています。収入を得ることが出来ない状況で、運航も継続できないとしています。同社はCRJ-200ERを3機、MD-80を2機、計5機で運航していました。
エア・ウガンダはウガンダ政府の要請で2007年に運航を開始し、231名のスタッフで、エンテベ発着でナイロビ、ダラエスサラム、ブジュンブラ、キガリ、モガディシュ、キリマンジャロ、モンバサ、ジュバ線に就航していました。また、国際航空運航協会(IATA)の安全監査、IOSAも獲得しており、安全性の確保にも十分に配慮していたとしています。