エストニアン・エアは2015年11月8日、運航を停止しました。11月9日から11月11日の予約・搭乗者は代替便が手配され、11月11日以降の搭乗者は払い戻しが行なわれるほか、KLMオランダ航空、スカンジナビア航空、ブリュッセル航空を通じて予約した場合も払い戻し、または代替便が手配されます。
運航停止の決定は、欧州委員会(EC)がエストニアン・エアに対し、エストニア政府が財政支援を行なったことについて、EC規則に違反していると指摘し、8500万ユーロの支払いとその利息を政府とエストニアン・エアに求めたことからの対応策です。EUは、エストニアン・エアが構造改革を実施しなかったとも指摘しています。
航空券の払戻しなどの対応は、エストニアン・エアのホームページで確認できます。