スカイマークは、2016年3月27日(日)から10月29日(土)の2016年夏スケジュールを決定、このうち羽田/新千歳線で7月1日(金)から10月2日(日)まで、深夜便を運航します。スカイマークは通常、この路線で8往復16便体制での運航ですが、深夜便の運航期間中は9往復19便となります。
スケジュールは羽田発SKY731便が21時30分、新千歳着23時5分、新千歳発SKY732便は0時10分、羽田着は2時です。なお、SKY731便は7月1日から10月1日まで、SKY732便は7月2日から10月2日までの運航です。
詳しいスケジュールはスカイマークのホームページを参照ください。