スカイマークは、2016年3月27日(日)から10月29日(土)の2016年夏スケジュールを決定、このうち羽田/那覇線で7月2日(土)から10月2日(日)まで、深夜便を運航します。スカイマークは通常、この路線で1日6往復12便体制で運航しますが、深夜便の運航期間中は7往復14便となります。
スケジュールは羽田発SKY527便が2時35分、那覇着5時20分、那覇発SKY528便は3時5分、羽田着は5時25分です。なお、期間中は月曜日を除く毎日、運航します。
詳しいスケジュールはスカイマークのホームページを参照ください。