バニラエアは2016年9月16日(金)以降の予約で、10月30日(日)以降の搭乗分から、利用者の都合で搭乗しなかった場合、旅客・保安サービス施設使用料などに払い戻し事務手数料を設けます。「諸税等払い戻し事務手数料」として、対象時には4,000円を徴収します。
9月15日(木)以前の予約分については、旅客・保安サービス施設使用料の払い戻しに事務手数料は必要ありません。これまで通り、払い戻しする場合は、航空券に記載された搭乗日から30日以内に手続きする必要があります。
また、9月16日(金)以降に10月30日(日)以降の搭乗分を予約、払い戻しする場合に事務手数料4,000円を徴収します。ただし、旅客・保安サービス施設使用料が事務手数料4,000円を超える場合、払い戻しはありません。また、事務手数料が旅客・保安サービス施設使用料の払い戻し金額を上回る場合、差額の徴収は行いません。
ただし、事前のコミコミ運賃のキャンセル、香港での法令による香港ドル払いの香港発路線は事務手数料課金の対象外となります。