エジプト航空は2011年1月29日付けで、日本外務省が発出したエジプトに対する危険情報への対応を明らかにしている。1月31日の日本帰着便は運航したものの、エジプト国内線及び国際線は遅延、欠航が発生。このため、帰国便の予約変更、キャンセルへ対応する。
帰国便の搭乗日の変更を希望し、日付の変更ができない航空券の場合、FAXまたはメールで対応。現地滞在中で国内線、または国際線の日付を変更し帰国希望する場合、変更を希望する日付と便名を明記して送付。エジプト航空で国内線、帰国便の予約を変更、再有効する。ただし、変更を希望した便が満席の場合、再度の変更もある。
旅行会社が発券した未使用航空券、未使用区間の返金は、申請が必要。クレジットカード、カウンターでの購入については、同社の予約課で対応する。
また、日本発エジプト行き航空便については、カイロ以遠が目的地の場合は搭乗を断る場合がある。この場合は、代替便への振返えを案内しているという。
