スカイマークは2012年3月8日から3月15日搭乗分の運賃を設定しました。
このうち3月7日から就航する成田/神戸線の運賃はWEBバーゲン運賃で980円。成田/福岡線も980円に設定されています。「成田シャトル便」は新千歳、旭川、那覇行きともいずれも最も安いWEBバーゲン運賃が5800円になっています。
また、那覇/宮古線は最安のWEB割7が引き続き2800円。他の路線はWEBバーゲンが7800円から設定されています。路線別の運賃額、運賃種別による価格はスカイマークのウェブサイトを参照ください。