スカイマークは2013年4月1日から6月30日までの期間、那覇/宮古線を運休すると発表しました。収益が伴わないための対応で、7月以降にも再開が計画されています。
2011年9月の就航前は那覇空港のカウンタースペースの拡充で変更が強いられるとして、当初発表した就航時期を遅らせるといったハプニングもありましたが、就航後は日本トランスオーシャン航空(JTA)と全日空(ANA)を巻き込んだ激しい値下げ競争が繰り広げられ、那覇/宮古間のアクセスを安くした功績はありました。
ただ、就航当初の1日5往復便は厳しい値下げ競争から、2012年9月に1日3往復便と競争を仕掛けたスカイマークが根負け、減便する事態となっていました。
今後は、JTAはじめとするJALグループとANAの那覇/宮古線の運賃額はスカイマークが就航しない時期は、上昇するとみられます。