日本航空(JAL)は2011年3月13日の欠航便を決定した。水没した仙台空港に加え、緊急輸送拠点空港として利用する花巻空港の便で、国内線は合計34便を欠航とする。3月12日にも運航したが、13日についても伊丹/山形間、羽田/山形間で臨時便を運航する。
3月13日の国際線は仁川/成田線のJL950便、釜山/成田線のJL960便の2便を運休する。
なお、JALによると、3月11日から3月13日までの影響便、人数は下記のとおり。
■3月11日
国内線欠航便：143便/影響人数：2万5530人
国際線欠航便：15便/影響人数：2660人
■3月12日
国内線欠航便：130便/影響人数：2万1000人
国際線欠航便：17便/影響人数：2440人
■3月13日
国際線欠航便：2便/影響人数：230人