北海道エアシステムは2011年7月29日、事業改善命令に対しての改善報告書を国土交通省に提出した。6月4日に奥尻空港で発生した重大インシデントに関連し、社内での安全運航の体制を見直す。
同社では安全推進部長と運航部長を1人で兼務する体制を解消、専従の安全推進部長を配置した。また、安全教育訓練を継続的に全社員に実施、安全管理規定に基づく安全教育を管理職も含めて実施する。また、運航乗務員の訓練が不明瞭と指摘された点も見直し、体系化して管理を徹底する。
なお、同社では書面で「道内の航空ネットワークの中核を担う企業としてスタートしたばかりの直後に、多大なご心配ご迷惑をおかけする事態につきまして、心よりお詫び申し上げます」(抜粋)としている。