国土交通省は台風第16号による被害状況などについて、2016年9月20日12時現在の状況を発表しています。各地で警戒体制がとられており、上陸した鹿児島県枕崎市では0時台の1時間に115ミリ、宮崎県宮崎市でも110.5ミリなど猛烈な雨が降っています。このため、国土交通省では土砂災害、低い土地の浸水、河川の増水や氾濫への警戒に加え、台風の接近する地域では、暴風、高波、高潮にも警戒を促しています。
これを受け、午前中は西日本を中心に航空便の欠航も発生しています。全日空(ANA)で52便、日本航空(JAL)で38便、ソラシドエア、スターフライヤー、スカイマークなどで24便、計114便が欠航となっています。すでに正午以降にも欠航便が発生しており、台風16号の影響による欠航便数は今後、増える見込みです。
また、国土地理院は八尾空港に「くにかぜⅢ」を9月15日(木)から待機させています。「くにかぜⅢ」はデジタル航空カメラ、航空レーザスキャナ、航空機SAR、映像伝送装置などを搭載でき、災害時対応のための撮影・情報収集、電子国土基本図の即時修正のためのピンポイント撮影、SAR観測などを実施できます。