福島市は年間の被曝量1ミリシーベルト以下とするため、市の施設の除染を行っていますが、これに伴いふくしまスカイパークでも施設全体の除染を2012年9月から実施します。これはふくしまスカイパークでも、雨水などが集中する場所で、目標値を上回るため。
除染作業は予定されている離着陸、イベントなどに影響が出ないよう配慮をして実施される予定です。また、10月22日から冬の閉場期間までには滑走路周辺の除染も予定しています。このため、滑走路周辺の除染時期と重なる場合、ふくしまスカイパーク管理棟へ確認するよう呼びかけています。