エストニアン・エアは2013年11月28日、エア・リトアニカとの提携を解消したことを発表しました。エストニアン・エアはエア・リトアニカによる支払いが4回にわたり滞っているためとしています。
エストニアン・エアは機材をリースしているアムステルダム/ヴィリニュス線は引き続き運航するとしていますが、ベルリン線は運休する予定だとしています。
なお、航空券のうち、エア・リトアニカでの発券分は搭乗できず、KLM、デルタ、ハーンエア、そしてエストニアン・エアによる発券は搭乗が可能です。
エア・リトアニカにリースしているERJ-170は2015年まで引き続きリース、アムステルダム/ヴィリニュス線などを運航する予定です。