国土交通省はエアーニッポンが運航する那覇発羽田行きのANA140便が一時、背面飛行に近い体制になったことを受け、これまでに判明した事実、推定される原因など調査、検討を行い、必要な再発防止策の策定をエアーニッポンに指示した。これは、2011年9月6日、B737-700型の機体番号(レジ) 「JA16AN」でのフライトで、重大インシデントに認定され、運輸安全委員会が事故調査を進めている。
国土交通省は「航空輸送の安全確保について」として、書面内で「航空運送事業者の定期便において、公共交通の安全への信頼を揺るがしかねない事案が発生したことは誠に遺憾」として対策を策定し、報告を求めると共に、運航の安全確保を求めている。
この件では9月30日に衆議院国土交通委員長から国土交通大臣に対して、「国土交通全般にわたる安全確保の徹底についての要請」が行われ、検討事案になっている。