防衛省は2017年5月26日(金)、南スーダン派遣施設隊などの廃止に関する自衛隊行動命令を発表しました。防衛省は3月下旬に、南スーダン派遣施設隊の国際平和協力業務を終結させる方針を示しており、5月31日(水)までに帰国実施を命ずる派遣施設隊の業務終結について行動命令を発出、これを受けた最終的な命令となります。
今回の行動命令は、南スーダン派遣施設隊を2017年5月31日(水)をもって廃止することと、第1南スーダン空輸隊を同日をもって廃止することが含まれています。なお、最大26名の撤収支援要員の一部は、6月以降もウガンダ共和国、ケニア共和国で装備品などの後送業務の調整などを実施する予定です。