国土交通省航空局は、スターフライヤー(SFJ)への立入検査で、飛行前の点検で実施する必要のある水抜き作業を実施していないことについて、2011年3月25日付けで厳重注意した。SFJの内部監査から整備規程に基づいた毎日の作業が実施されていないことが判明、3月7日にSFJから航空局に対し報告。これを受け、航空局が3月14日から16日にかけ、北九州空港、関西空港、羽田空港で立ち入り調査した。
SFJはA320型の燃料タンクの水抜き作業を実施しなかったが、整備記録に水抜き作業を実施したと2006年以降、記載を続けていた。また、管理部門は実態を把握せず、必要な対応が行えなかったという。航空局では4月15日まで、具体的な再発防止策を検討、報告するように指示している。
SFJは「改善策を全社で確実に実行し、再発防止と信頼回復に努めてまいります」と文書でコメントを発表している。
なお、燃料タンクの水抜きは、燃料にわずかに含まれる水分がタンク下部にたまり、これを長期間放置するとタンクの腐食を招くことから、定期的に水分を除去している。