エアアジア・ジャパンは2012年12月20日から、国内線カウンターの有人チェックインの利用について、徴収していた手数料1,000円を廃止すると発表しました。国内線、国際線とも、搭乗手続きによるチェックインは全てが無料となります。
エアアジア・ジャパンのカウンターでチェックインする場合、有料の規則があり、柔軟な対応が求められる場合に規則通りの徴収を行うこともあり、一部で批判的な意見もありました。エアアジア・ジャパンでは「就航以来、現場で耳にしてきたお客様の声をもとに、改善策の第一弾」としており、初めて飛行機を利用する旅客や搭乗手続きに不安がある場合でも、「気軽にご利用いただける」とコメントしています。