日本航空(JAL)は2013年3月6日から、ジェットスター・ジャパンとコードシェアを行いますが、これにあわせ、ジェットスター・ジャパンとマイレージ提携も開始します。JALマイレージバンク(JMB)会員を対象に、獲得したマイルをジェットスター・ジャパン運航便の特典航空券に交換ができるようになります。
国内線のマイル交換は、A区間は往復10,000マイル、B区間は12,000マイル。A区間は成田/関西線、関西/福岡線。B区間は成田発着新千歳、福岡、那覇、大分、鹿児島線、関西発着新千歳、那覇線、新千歳発着の名古屋線、名古屋発着の福岡、鹿児島線となります。
なお、これによりJMB提携航空会社は17社となります。