天草エアラインは2011年9月1日から10月29日のダイヤを設定した。天草/福岡線は１日3往復便、天草/熊本線は1日1往復便、熊本/伊丹線は１日1往復便を運航する。便数は変更ないが、運航時間を変更する。詳しくは下記の通り。
■天草エアライン：9月1日以降のダイヤ| 便名 | 天草 | 福岡 | 便名 | 福岡 | 天草 |
|---|---|---|---|---|---|
| AMX101 | 8:25 | 9:00 | AMX102 | 9:25 | 10:00 |
| AMX105 | 16:00 | 16:35 | AMX106 | 17:00 | 17:35 |
| AMX107 | 18:00 | 18:35 | AMX108 | 19:00 | 19:35 |
| 便名 | 天草 | 熊本 | 便名 | 熊本 | 天草 |
| AMX201 | 10:25 | 10:45 | AMX202 | 15:05 | 15:25 |
| 便名 | 熊本 | 伊丹 | 便名 | 伊丹 | 熊本 |
| AMX801 | 11:10 | 12:30 | AMX802 | 13:10 | 14:40 |