熊本地震に伴い、国土交通省は空港運用の弾力化で、熊本空港と大分空港の航空保安業務の提供時間の24時間化していますが、このうち大分空港は2016年4月19日(火)22時30分でこの体制を終了します。ただし、大分空港は4月20日(水)から4月23日(土)までは、提供開始時間を1時間前倒しし、6時30分から開始します。熊本空港は4月24日(日)7時30分まで、24時間体制で対応しています。
熊本空港は4月16日未明の地震で旅客ターミナルビルに損傷が発生し、旅客便が全便欠航となっていましたが、4月19日(火)午前に到着便の受け入れを再開し、15時からは出発便の運航も開始しました。
また、同空港は災害支援業務での航空機の受け入れを実施しており、災害派遣医療チーム(D-MAT)、航空自衛隊のC-1やC-130、ドクターヘリ、JALの臨時貨物便、アメリカ海兵隊のMV-22Bオスプレイなどが使用しています。
なお、九州地域の他の空港は通常通りの運用が行われています。