ニューギニア航空は2016年11月9日(水)発券分から、ニューギニア国内の空港施設使用料を乗り継ぎ時にも徴収しています。これまで乗り継ぎの場合は免除されていた使用料ですが、ニューギニア国内の各空港の施設向上を目的とし、徴収するものです。
使用料は、各空港の出発時、到着時にそれぞれ徴収され、ポートモレスビーのジャクソン国際空港では、国際線が60パプアニューギニア・キナ(PGK)、国内線は10PGKです。
そのほか、ニューギニア国内空港のブカ空港、チンブ空港、ゴロカ空港、ガーニー空港、マウントハーゲン空港、ホスキンズ空港、カビエン空港、ラエ・ナザブ空港、マダン空港、モモテ空港、メンディ空港、ジルア空港、トクア空港、タリ空港、バニモ空港、ワベナマンダ空港、ウェワク国際空港、ダル空港、アロパ空港、キウンガ空港では、10PGKと設定されています。
なお、小児、座席を使用する幼児も大人と同額ですが、座席を使用しない幼児は免除となります。詳しくは、ニューギニア航空のウェブサイトを参照ください。